209系1000番台は1999年に常磐緩行線と千代田線の直通用として登場し、10両編成2本が製造されました。209系0番台を基本に地下区間に対応する前面貫通扉を備え、2019年からは中央快速線で運用されました。
JR East Series 209-1000 entered service in 1999 for through workings between the Joban local and Chiyoda Lines, with two ten-car sets built. Based on Series 209-0, it had front gangway doors for tunnel use and later worked Chuo Line rapid services from 2019.